微生物基因體定序與組裝
💡 特色說明
PacBio microbial whole-genome de novo sequencing
微生物基因體組裝是指利用定序方法，將待測基因體序列進行拼接，形成連續的序列 (contigs)，為探討基因體分析的核心技術，此技術在探討物種起源與進化、挖掘功能基因、研究疾病發生等領域，具重大關鍵意義。
🔎 樣品定序需求和分析
樣品需求
- DNA總量 (PCR free)： ≧ 3 μg (Qubit)
- DNA濃度： 100 – 200 ng/μl
- OD260/280 ≧ 1.8 (NanoDrop)
- OD/260/230 ≧ 1.7 (NanoDrop)
- 無降解與汙染
定序規格
- 定序規格：PacBio Sequel lle
- 建庫模式：SMRT Cell Library，HiFi
- 定序模式：Single Molecule, Real-Time (SMRT) , HiFi mode
- 交付數據：基因體大小 2-5 Mb 的細菌約 50X coverage
分析數據交付
- 數據交付內容：fastq，Sequence QC報告，SMRTLink 和 Flye 細菌組裝fasta，及Prokka基因註解等生物資訊分析結果
I. 服務流程
II. 分析流程
